Aunque apenas vuelve de una larga ausencia por lesión, el español demostró su experiencia y su habilidad sobre la Honda para sobreponerse a las severas condiciones meteorológicas y marcar un tiempo de 1:55.232.
Por detrás quedaron los pilotos de Ducati Jorge Martín, también español, y el australiano Jack Miller, que mantiene el tiempo de vuelta más rápido con los 1:44.509 marcados en la primera sesión del viernes sobre seco.
Como apuntaba la previsión, la lluvia llegó al circuito el sábado y probablemente afecte a la sesión clasificatoria posterior, en la que los tres candidatos al título deberán mejorar su rendimiento en mojado.
El actual campeón del mundo y líder del campeonato, Fabio Quartararo, quedó décimo en su Yamaha, un puesto por delante del español Aleix Espargaró (Aprilia).
El corredor de Ducati Francesco Bagnaia, que ha reducido la distancia con Quartararo a 10 puntos con cinco carreras por disputar, quedó 15º.
La previsión meteorológica apunta a buenas condiciones para la carrera del domingo.
Mejores tiempos después de las dos primeras sesiones de entrenamientos libres de MotoGP en el circuito de Motegi (4,8 km) el viernes y el sábado:
1. Jack Miller (AUS/Ducati) en 1'44.509
2. Francesco Bagnaia (ITA/Ducati) a 0.028
3. Fabio Quartararo (FRA/Yamaha) a 0.049
4. Aleix Espargaró (ESP/Aprilia) a 0.068
5. Luca Marini (ITA/Ducati-VR46) a 0.136
6. Marc Márquez (ESP/Honda) a 0.147
7. Pol Espargaró (ESP/Honda) a 0.169
8. Brad Binder (AFS/KTM) a 0.226
9. Miguel Oliveira (POR/KTM) a 0.234
10. Maverick Viñales (ESP/Aprilia) a 0.288